故事内容延续第一部TV版《攻壳机动队 STAND ALONE COMPLEX》的剧情继续发展。但TV版的2部作品与剧场版无甚联系，可以看做是两个平行世界里发生的事情。这次TV版第2季的制作班底与第一部相同，同时剧情表达上和第一季一样，每话由不同故事构成，各自独立成章，却贯穿着同一条主线。在剧情上同时电影版导演押井守也参与了协力，不过电影版中凄凉的气氛没有在TV版第二季中体现。
深渊降临，全民转职时代开启，职业强弱全凭觉醒时的观想图。孤儿夏澜在转职仪式上，摒弃西方神魔观想图，恭请道教天师张道陵，觉醒被判定为 F - 废职的道士职业，却引发紫气东来的天地异象。凭借五雷正法、金光咒等道家神通，他轻松碾压 S 级职业者，破解邪祟入侵，打脸各路轻视者。从新手副本到全省大比，从对抗暗黑教会到独闯深渊位面，夏澜以道术破万法，融合太极天帝剑，开创道教学院，最终驯服深渊意志，紫袍加身飞升成仙，用华夏道术守护人间，谱写了一段废职逆袭、道教封神的热血传奇。
