在深层宇宙空间，两艘敌对的宇宙拾荒者飞船发生小规模战斗。杰克（肖恩·派特里克·弗兰纳里 Sean Patrick Flanery 饰）率领的排水沟号和维克（罗克·克里切洛 Roark Critchlow 饰）率领的启示者号围绕维克刚刚得手的混沌发生器，展开了激烈的角逐。或许，启示者号上的美丽女子爱默生（露易丝·林顿 Louise Linton 饰）也是这两个曾经并肩闯荡全宇宙的男人反目成仇的重要原因。好不容易从排水沟号的猛烈炮火中逃脱，维克一方很快发现了混沌发生器的强大威力，这个来自外星人的高科技产物足以摧毁全宇宙的平衡。漫无边际的旅程，排水沟号和启示者号宿命的对决即将上演……
自2002年X档案的六年后，前联邦探员丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）调任某教会医院担任医师，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）则过着隐居的生活，继续着对超自然现象的关注。某天，FBI探员前来请求他们的帮助。原来一段时间内，维吉尼亚州接连有数名女子神秘失踪，其中甚至包括一名联邦探员。由于神父约瑟夫（Billy Connolly 饰）声称看到了犯罪画面，因此FBI希望对超自然案件有着丰富经验的穆德和斯科莉协助调查。然而随着调查的深入，穆德和斯科莉
