在一个平静的夜晚，一辆飞驰而来的汽车，撞碎了音乐教授约翰（威廉·麦鲍瑟 William Mapother 饰）的幸福生活，他的妻女以及美好的人生都被尚未成年的少女罗娜（布里特·马灵 Brit Marling 饰）夺去。这起事故，也让罗娜的心灵蒙受巨大打击。罪恶感让她过着最底层的生活，却始终逃脱不掉灵魂的谴责。偶然机会，她重逢约翰，并以清洁人员的名义走进约翰潦倒无望的生活。在一段时间相处过后，他们渐渐温暖了彼此漫布创痕的心。与此同时，人类发现了一颗与地球极为相似的行星，而那里似乎也住着人类另一个自己。这是希望，还是美好的梦想？
自2002年X档案的六年后，前联邦探员丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）调任某教会医院担任医师，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）则过着隐居的生活，继续着对超自然现象的关注。某天，FBI探员前来请求他们的帮助。原来一段时间内，维吉尼亚州接连有数名女子神秘失踪，其中甚至包括一名联邦探员。由于神父约瑟夫（Billy Connolly 饰）声称看到了犯罪画面，因此FBI希望对超自然案件有着丰富经验的穆德和斯科莉协助调查。然而随着调查的深入，穆德和斯科莉
